Luciana,
Voce teve alguma resposta com respeito a sua duvida, conseguiu resolver?
Tenho um problema parecido no proceso CT-e inbound utilizando processo de STO com LES/TRA.
Quando crio o CT-e pela MIRO o sistema identifica o IVA como Servico, e marca o campo TMISS (Imposto ISS - Sem calculo ICMS/IPI). A repercusao disto é basicamente na transferencia de dados para a interfase com a Mastersaf, pois nao me atualiza o valor como se fosse ICMS.
Obrigado,
Italo Nascimento